日本侵华日军在华期间的罪行真是罄竹难书，不仅有让人发指的南京大屠杀和重庆大轰炸。在日本侵华的十四年时间里，东北抗联的抗战最为艰苦，日军在东北地区犯下的罪行最多，杀的中国军民也可以说是最多的。

位于吉林省舒兰市东南部的老黑沟，由于处于东北抗联活动的中心地带。宋德林、周太平领导的反满抗日队长期活跃在此，给驻扎在此的日军以沉重的打击。老黑沟的百姓觉悟很高，经常尽自己所能帮助抗联队伍一起与日军作战。因此也引起了日军的注意，一直力图对这一地区的抗日力量进行清剿。

1935年春，日本关东军第十六师团三十八联队联队长田路大佐决定集结兵力对老黑沟进行清剿。三十八联队来自于日本东京都的奈良，曾参与过南京大屠杀。是一支臭名卓著的日军联队。为使清剿起到震慑效果，田路大佐严令封锁消息，事先开始秘密招募翻译。从大队长到中队长再到小队长，每人均配置一名翻译。以一名士兵一名背夫的比例，强征了600名背夫用于背负给养和弹药。同时，田路大佐还争取了飞机支援，用于侦察和运送补给。

1939年5月29日凌晨，日本关东军第十六师团三十八联队分三路出兵前往老黑沟。清晨六时许，三十八联队第三大队到达额勒赫，此地距离老黑沟还有三十多里地。三大队准备再次开始进行清剿，因日军驻额勒赫守备部队解释此地不是清剿任务执行地区才未进行军事行动。但是在行进途中遇到两名打猎的村民，便将二人击毙后将尸体就地掩埋。5月30日，三大队兵分三路进兵老黑沟。右路从老黑沟南端进入五常县境内，负责警戒；中路由呼兰岭进入老黑沟，沿呼兰河东岸逆流而上。先头部队见人就杀，见房就烧。后续部队则持续行军三十余里到达青顶子以后，沿原路返回过程中开始大肆烧杀抢掠。左路在5月30日抵达青顶子以后，也开始一路烧杀抢掠，制造惨案。

此时，正是农历端午节前后。春耕农忙季节，老黑沟的农民多在地里忙于耕作。日军对农田里的农人开始射击的时候，人们开始慌乱。躲进山里的人多半得以存活，跑回家中避难的则几乎全被左路日军杀光。

日军冲进桦曲柳顶子村的时候，村民李显廷的妻子正坐在炕沿上奶孩子。日军冲进来直接开枪将其打死，然后又把李显廷不足三岁的孩子挑到刺刀尖上，掼到墙上扎死。

进入村庄的日军，见到人便开枪。然后进屋寻找值钱的物品和牲畜带走，离开时将房屋点燃。

老黑沟里的三岔口、老杉沟、桦曲柳顶子、榆树沟、柳树河子、青顶子等几个主要村落，都成为日军的杀人场。日军把在桦曲柳顶子抓到的村民押到东边的桦树林边上，拿枪威逼着村民挖坑。前后共挖了七个坑，每个土坑埋十人左右。日军将村民赶入坑中后开始埋土，待埋至半截后便用刺刀刺杀。其中村民李奎江一家十一口人被活埋九人，几乎灭门。

榆树沟屯曹邦的二儿媳怀孕将要临产，日军将她衣服扒掉，用刺刀将腹部剖开，把胎儿剥出以此取乐。

柳树河子村民胡万昌开的客栈叫胡家店，5月31日，日军将70多名村民押到东边老孙家里先过堂，然后再押到胡家店全部杀死后，放火将胡家店和遇难村民的尸体一起烧毁。

杀人最多的村子是呼兰河北岸青顶子屯的月牙泡，在这里一共杀了超过三百人。由于要杀的人太多，日军动用机关枪进行扫射，之后进行检查补刀。最后将杀死的村民全部推入月牙泡，致使月牙泡中的河水变成红色，几个月都无法变清。

从1935年5月29日到6月5日的一周时间里，日本关东军地十六师团三十八联队在老黑沟共杀死村民1017人，烧毁民房数百间，老黑沟惨案发生后，由于天热，无人掩埋的尸体很快开始腐烂，又造成瘟疫在舒兰一带流行，造成数千人死亡。在此后十年时间里，老黑沟几乎无人居住，直到日本投降后人口才开始有所恢复。