康熙在解决了吴世璠以后，派兵驱逐侵入黑龙江下游的哥萨克人，他们自称为俄罗斯人。清、俄双方在顺治年间便已有过军事与外交的接触。康熙作事，一向脚踏实地，他在用兵以前，储备三年的粮食一万二千石于爱珲及呼玛尔两地。两地之间以及通往索伦的五站大路，可设驿站，火器，尽量从北京输运去。

到了康熙二十四年(1685年)，一切准备均已就绪。阴历五月二十一日，清军两万余人携带野战炮、攻城炮众多，进抵雅克萨的近郊。城中的俄将土在二十五日投降。清军把雅克萨烧了，回军至爱珲与墨尔根城。 俄方在阴历七月间又来，把雅克萨城的废墟占领，在废墟之上造起土城，从尼布楚运来大炮火器，清军于次年四月十六日再度来攻，战了很久。此后，两军长期相持，直到九月间康熙接受俄方的请和、宣布停战为止。又过了三年，双方的全权代表于康熙二十八年(1689年)七月在尼布楚城会面，清方的代表是领侍卫内大臣索额图。

七月七日，双方举行第一次会议于尼布楚城与什耳喀河之间的空地，经过几天谈判，双方未达成协议，索额图大怒，退出了会议帐篷。 过了四天，索额图召集全体军官举行军事会议，决定用武力解决。第二天，他率军渡过什耳喀河，在尼布楚附近布阵。 俄方一边加紧在城的四周设防，一边清方疏通，愿意接受清方的条件，请清方不要动武。 结果是，双方在七月二十一日(9月7日)正式缔约。

条约一共是九条，其主要的内容是：两国以额尔古纳河、格尔必齐河、绰尔纳河与外兴安岭为界。 雅克萨城拆毁，城内的俄国军民迁回俄国。 住于两国境内的人民，除了雅克萨的以外，一概准许居留，不必遣回本国。今后，持有“往来支票”(护照)的人，“贸易不禁”。至于越境打猎、抢掠、杀人的，一概捉拿，由当地的官吏严办。 自从这《尼布楚条约》订立了以后，中、俄双方的疆界维持了一百五十年之久，没有更动。

这是清朝乃至中国外交史上的一次大胜利。