从公元11世纪末到13世纪末对于是伊斯兰教来说，可能是最黑暗的两百年。先是欧洲基督徒发动了著名的“十字军东征”，后又有来自蒙古的致命打击。

在十字军近两百年的持续打击下，伊斯兰教世界许多城市化为灰烬、农村荡然无存。然而当蒙古人在东方崛起后，他们骑着快马，拿着弯刀，走到哪里就打到哪里。中亚布哈拉的清真寺被当成蒙古人的马厩；撒马尔罕的百姓不是被屠杀殆尽，就是被掠为奴隶；花剌子模更是被从地图上抹去。

​然而到了13世纪末，形势却发生了巨大的变化。最后一批十字军被赶下了海，企图摧毁伊斯兰教的成吉思汗的子孙们在不到200年的时间内，全部变成了虔诚的穆斯林。金帐汗国率先布伊斯兰教为国教，成了伊斯兰教的保护神。

金帐汗国的创始人拔都并不是一位穆斯林，仅仅因为他较好地贯彻了成吉思汗“对各宗教一视同仁, 不分彼此”的政策，反而成为穆斯林的最好的朋友。波斯史学家评价其为：

“（拔都）是一个无宗教信仰的国王：他仅信仰天神，不盲目地归依这派那教。他的施舍无数，他的恩泽无穷。各国的国王、四海的诸侯，及其他所有人都去朝见他，就在把他们多年积存的贡礼运进府库之前，他已把它们统统赏给了蒙古人、穆斯林及一切在场者，不管贡物是多是少……”

​不管穆斯林学者对拔都有多少溢美之辞，但拔都依然是萨满教的忠实信徒，而且对于征服区内的其他宗教也同样友善，比如罗斯大主教、教士、修士等基督徒偶读可以免征商税和贡税。

不过拔都的宽容让伊斯兰教有了合法的地位和传播的土壤，从这个意义上来说，拔都对伊斯兰教的贡献是巨大的，毕竟在蒙古人到来之前，很多区域都已经接受了伊斯兰教。

拔都去世后，蒙古大汗蒙哥任命拔都之子撒里答继位。撒里答是位虔诚的基督徒，但他在返回萨莱（金帐汗国国都）接掌汗位的途中病逝，蒙哥随即又任命拔都的幼子乌剌黑赤继位。不料仅同年乌剌黑赤又病死在汗位上，于是金帐汗国的汗位最终落到了拔都的弟弟别尔哥手上。

​别尔哥的封地靠近波斯，不仅治下百姓大部分是穆斯林，手中还掌握着三万穆斯林军队。撒里答和乌剌黑赤死得过于蹊跷，中外史学家都认为别尔哥很可能是借助了伊斯兰教的势力阴谋夺权。历史上蒙古王公靠宗教势力夺权的例子比比皆是，比如金帐汗国后来的月即别也是如此。

蒙哥汗在位时，其弟旭烈兀发动了蒙古第三次西征。旭烈兀的妻子是基督徒，蒙古大军在攻陷巴格达时对穆斯林进行了惨无人道的屠杀，并联合基督教共同打击伊斯兰教势力。旭烈兀攻占波斯后，立刻出兵叙利亚，希望以此打开通往埃及之路。​

​埃及的马穆鲁克王朝感到了极大的威胁，埃及苏丹选择了与金帐汗国的别尔哥结盟。1262年，别尔哥的军队在高加索地区大败旭烈兀，迫使其对叙利亚的征服以失败告终。金帐汗国以穆斯林的保卫者出现后，首都萨莱吸引了伊斯兰各教派人士前往，从而又加速了金帐汗国的伊斯兰化。

月即别汗在依靠宗教势力成功篡位后，伊斯兰教正式成为金帐汗国的国教。金帐汗国皈依伊斯兰教的时间虽然早于伊尔汗国和察哈台汗国，但他们伊斯兰化的程度却是最浅的，草原上的牧民仍旧信仰长生天，这一点对于金帐汗国两百多年的国运是至关重要的。

​在政权初期，金帐汗国依靠伊斯兰教的势力逐步巩固了统治，但皈依伊斯兰教的仅限于城市中的统治者和贵族。因为草原上的牧民依旧忠于战斗民族的传统，这使得成吉思汗的子孙们在西方完全崩溃的情况下，金帐汗国仍能以征服者的姿态出现。